[{"command":"insert","method":null,"selector":".course-modal-ajax-placeholder-966847","data":"\u003Cdiv class=\u0022container content-rte\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022row\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6 bg-primary text-white\u0022\u003E\n \u003Ch2 class=\u0022h1 text-left\u0022\u003E Outils omiques\n\u003C\/h2\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EECTS :\n 4\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ESemester:\n Semestre 2\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ED\u00e9tail du volume horaire\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ELecture:\u003C\/span\u003E\n \u003Cspan\u003E10\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003EPractical study :\u003C\/span\u003E\n \u003Cspan\u003E20\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003EProject :\u003C\/span\u003E\n \u003Cspan\u003E10\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ELangue d\u0026#039;enseignement\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003EFran\u00e7ais\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EEnseignement \u00e0 distance\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003Enon\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EProgramme \/ plan \/ contenus\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EObjectifs : Le s\u00e9quen\u00e7age du premier g\u00e9nome complet en 1995 a inaugur\u00e9 une nouvelle \u00e8re de la biologie s\u0027appuyant sur l\u0027analyse des donn\u00e9es \u00e0 haut d\u00e9bit. Les donn\u00e9es dites \u0022omiques\u0022 recouvrent les g\u00e9nomes, transcriptomes, prot\u00e9omes et par extension toutes les informations permettant d\u0027appr\u00e9hender de mani\u00e8re globale les interactions et productions cellulaires. Tous les domaines de la biologie, de la biologie \u00e9volutive, \u00e0 l\u0027\u00e9cologie, l\u0027agronomie et la sant\u00e9, reposent maintenant en grande partie sur l\u0027analyse de ces donn\u00e9es massives.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003ECette UE vise \u00e0 d\u00e9couvrir et explorer la richesse des banques de donn\u00e9es omiques. Apr\u00e8s avoir examin\u00e9 les diff\u00e9rents types de donn\u00e9es omiques et leur mode de production, les \u00e9tudiants travailleront sur des projets o\u00f9 ils r\u00e9aliseront des protocoles informatiques pour extraire des informations de ces banques et analyser fonctionnellement des r\u00e9seaux de r\u00e9gulation ou m\u00e9taboliques \u00e0 partir des donn\u00e9es extraites.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EContenu :\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003ECours : Nous verrons comment l\u0027information du g\u00e9nome est repr\u00e9sent\u00e9e dans les grandes banques de donn\u00e9es publiques: \u0026nbsp;g\u00e9nomes complets (Ensembl, RefSeq), g\u00e8nes (COGs), fonctions (Gene Ontology), sant\u00e9 (COSMIC, OMIM, Orphanet), ou expression (GEO). Nous pr\u00e9senterons des packages informatiques (R ou Python) permettant d\u0027interroger les banques et d\u0027en analyser le contenu. Nous verrons comment analyser les donn\u00e9es d\u0027expression pour inf\u00e9rer des r\u00e9seaux de r\u00e9gulation. TD et travail personnel en mode projet : Nous choisirons un r\u00e9seau de r\u00e9gulation et nous rechercherons les composants de ce r\u00e9seau dans les diff\u00e9rentes bases \u00e0 l\u0027aide de requ\u00eates programm\u00e9es. Nous exploiterons des donn\u00e9es d\u0027expression pour inf\u00e9rerer un r\u00e9seau de r\u00e9gulation qui sera repr\u00e9sent\u00e9 graphiquement et informatiquement. Nous int\u00e9grerons toutes ces informations pour r\u00e9aliser une synth\u00e8se finale des informations recueillies que nous confronterons \u00e0 l\u0027\u00e9tat des connaissances sur le r\u00e9seau \u00e9tudi\u00e9.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EObjectifs d\u0026#039;apprentissage\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EOAV1. Comprendre et extraire les informations des bases de donn\u00e9es omiques, particuli\u00e8rement transcriptomique\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV2. Exploiter les bases de donn\u00e9es omiques pour analyser des r\u00e9seaux de r\u00e9gulation.\u0026nbsp;\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV3. Impl\u00e9menter un protocole d\u0027analyse de donn\u00e9es d\u0027expression\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV4. Int\u00e9grer des donn\u00e9es sous la forme de r\u00e9seaux biologiques (logiciel Cytoscape)\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV5. Analyser et comparer des r\u00e9seaux de r\u00e9gulation.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ENature de l\u0026#039;\u00e9valuation\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003EEvaluation Continue non Int\u00e9grale\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n\u003C\/div\u003E\n","settings":null}]